На данный момент нет единой научно доказанной версии о происхождении этого вируса. Существует множество гипотез, но наиболее правдоподобной версией является гипотеза о животном происхождении вируса: первоначально вирус был только у определенного вида обезьян, видоизменяясь, вирус стал приспосабливаться и к человеческому организму. Многолетние труды учёных по изучению вируса позволяют сделать следующие выводы, относительно вопроса происхождения вируса иммунодефицита человека:
Специалисты обнаружили, что древние обезьяны были заражены лентивирусами - вирусами с длительным инкубационным периодом. Эти возбудители входят в семейство ретровирусов, к которым также относится вирус иммунодефицита человека (ВИЧ).
Группа ученых из французского института исследований и развития (IRD) пришла к выводу, что две из четырех групп вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1 состоит из четырех групп M, N, O и P, каждая из которых имеет свое собственное происхождение) передались людям от шимпанзе и горилл, обитающих в юго-западной части Камеруна. Типы О и Р практически не передаются человеку.
Американский ученый Дэвид Кваммен постарался восстановить историю возникновения эпидемии СПИДа с помощью изучения генетических образцов людей и шимпанзе. Результаты навели его на мысль, что родиной эпидемии стали юго-восточные районы Камеруна примерно в 1908 году. "Нулевым пациентом" Кваммен считает охотника в Камеруне, который был заражен вирусом иммунодефицита, подобного ВИЧ, от шимпанзе, которого он убил.
Первым человеком, заразившимся СПИДом, был житель пригорода столицы Конго Киншасы, чей анализ крови хранится и поныне в качестве части медицинских исследований. Это произошло в 1959 году, за несколько десятилетий до того, как ученые узнали о существовании ВИЧ. Предполагается, что однажды его укусила обезьяна, либо он порезался, разделывая одну из особей. А затем он передал полученный вирус другому человеку.