В 2017 году чешские археологи возобновили раскопки ранее законсервированного кладбища при Костеле всех святых в Кутной Горе и обнаружили в северной его части три массовых захоронения XIV века. Каждая из братских могил представляла собой яму площадью около 2 кв.м. и глубиной от 2,5 до пяти метров. Захоронения были сделаны в разное время, все три — в XIV веке. Исследователи связывают первое, датированное 1318 годом, с массовым голодом, более поздние, датированные 1348−1350 гг, — с эпидемией чумы, унесшей миллионы жизней по всей Европе. Вероятно, люди, вырывшие могилы для погибших от чумы, не знали о том, что здесь же несколько лет назад хоронили людей; более старые остатки были потревожены.
Чуму археологи обычно ищут в зубах. Это скоротечная болезнь: она, в отличие от сифилиса или туберкулеза, не успевает оставить следов на скелете. А в пульпе зуба много кровеносных сосудов, и там велика вероятность найти остатки бактерий. Вдобавок зуб — самая плотная часть тела человека. Он отлично сохраняется и после смерти, поэтому к заключенному внутри биологическому материалу не примешиваются внешние загрязнения.
Ученые из Института мировой истории Общества Макса Планка в Йене (Германия) в 2019 году проанализировали останки людей из захоронений на территории Лаишево. В образцах нашли штамм - прародитель европейской чумы. Точнее, ее вспышки в XIV веке, из-за которой погибло 60 процентов населения Европы. Реконструкция показывает, что изолят бактерий LAI009 из Лаишево является предком изолятов бактерий Черной Смерти из Южной, Центральной, Западной и Северной Европы, а также ранее опубликованных изолятов конца XIV века из Лондона и города Болгар. Этот геном отличается только одним нуклеотидом от того, который дал начало смертельной пандемии.
В 1998 году раскопки массового захоронения жертв бубонной чумы проводились учеными из Средиземноморского университета . Раскопки дали возможность изучить более 200 скелетов близ округа Марсель(Франция), монастырь Соблюдения. В дополнении к современным лабораторным испытаниям, были изучены архивные записи для определения условий и сроков использования этого массового захоронения. Этот междисциплинарный подход дал ранее неизвестные факты и идеи, касающиеся эпидемии 1722 года. Реконструкция черепа 15-летнего мальчика показала первые исторические свидетельства о вскрытии, то есть в средневековье уже проводили вскрытия тел, погибших от чумы.
Исследователи нашли в Италии кладбище, которое было заброшено. Оно датируется девятнадцатым веком. Примечательность этого захоронения состоит в том, что здесь хоронили тела людей, погибших в эпидемии холеры. Тела жертв холеры были поспешно захоронены и покрыты известью, вероятно, в попытке остановить распространение болезни. Известь затвердела вокруг тел, как бетон. Оказалось, что известь – это прекрасный консервант для костей. Сохранились не только кости, но и грунт вокруг тел. В этом грунте остались ДНК бактерий и других организмов, живших внутри людей.